توسعه تشخیصهای نوری در پزشکی، حوزه فعالی از تحقیقات فوتونیک را به خود اختصاص داده است. دلیل این امر آن است که بیوآنالیتهای مهم درمانی، خصوصیات طیف نوری ویژهای مانند جذب و فلوئورسانس دارند. این آنالیتها میتوانند گلوکز، کلسترول، میوگلوبین، اسیداوریک، لاکتات، داروهای درمانی، سمها و... باشند. خواص اسپکتروسکوپی این آنالیتها به دلیل حضور کروموفورهای خاص در این بیومولکولها میباشد. این روش، تشخیص مولکولی آنالیتها را فراهم میکند. کمترین غلظت یک مولکول که میتوان با استفاده از طیف سنجی جذبی شناسایی شود، تحت شرایط مطلوب در حد میکرو مولار است. در حالی که این حد برای آشکارسازی فلوئورسانس 10 میکرو مولار است. علاوه بر این، سیگنال فلوئورسانس به خوبی قابل تشخیص است و آشکارسازی و تعیین کمیت آن، حتی در حضور مولکولهای دیگر آسانتر است. به این دلایل، روش تشخیص فلوئورسانس برای تعیین کمیت، از بین سایر روشها ترجیح داده میشود. اگرچه بسیاری از بیومولکولها، باندهای فلوئورسانس نشری خاصی را نشان میدهند، اما بیوآنالیتهایی هم وجود دارند که کم فلوئورسانس یا غیر فلوئورسانس هستند که برای نشاندار کردن این بیومولکولها از نوکلوئیک اسید، پروتئین، لیپیدها گرفته تا داروها و... از رنگهای فلوئورسانس استفاده میشود.آنزیمها یا آنتیبادیهای اختصاصی فلوئورسانس میتوانند به مولکولهای هدف یا آنالیت متصل شود و سپس تغییر شدت فلوئورسانس کمپلکس را میتوان به وسیله ابزارهای اپتوالکترونیک مثل یک اسپکتروفلوریمتر آشکار ساخت.